Эстонская Республика регулирует организацию гособороны соответствующим законодательством для мирного и военного времени. Сильное законодательство по гособороне было основой для присоединения страны к НАТО. Закон Эстонской Республики о государственной обороне в военное время вступил в силу 31 октября 1994 года, а Закон о государственной обороне в мирное время 15 августа 2002 года.

Законы устанавливают ответственность и задачи обеспечивающих гособорону ведомств, а также место Сил обороны в качестве части исполнительной власти.

Действующий с 19 июня 2008 года Закон об организации деятельности Сил обороны регулирует устройство, управление и принципы использования Сил обороны, предусматривает, на каком уровне решаются различные вопросы, касающиеся организации Сил обороны, а также законодательно регулирует исходящие из нашего членства в НАТО потребности.

Деятельность государственных институтов в военное время регулируется Законом о чрезвычайном положении (вступил в силу 16 февраля 1996 года) и Законом о кризисной ситуации (вступил в силу 15 июня 2009 года).