Одной из приоритетных сфер деятельности Эстонское общество НАТО считает сотрудничество с другими международными организациями, прежде всего, с другими обществами НАТО по всему миру.

Много лет Эстонское общество НАТО сотрудничает с материнской организацией – Atlantic Treaty Association (ATA) , а также объединяющей молодежь структурой Youht Atlantic Treaty Association (YATA). Руководство общества ежегодно принимает участие в ассамблее ATA. Также при поддержке ATA были проведены различные проекты в Эстонии.

Особенно хорошие отношения сложились у общества с Датским обществом НАТО. Благодаря сотрудничеству с Датским обществом НАТО сотрудники общества и практиканты много раз принимали участие в проводимых в Дании международных практикумах по обузданию кризисных ситуаций Danish Atlantic Youth Seminar (DAYS).

В 2008-2009 годах Эстонское общество НАТО активно занималось помощью в развитии гражданского общества на Украине. В течение двух лет в различных регионах Украины было проведено 10 семинаров, целью которых было повышение информированности населения в части демократических процессов, хорошего управления и евроатлантической интеграции. Неправительственным организациям и общественно-правовым учреждениям на примере Эстонии разъясняли принципы сотрудничества и обмена информацией между различными институтами. Университетам, библиотекам, журналистам и госучреждениям было роздано 1000 книг „NATO A&O“, в которых говорится об опыте Эстонии по вступлению в НАТО.

В феврале 2009 года Эстонию посетила учебная группа из 30 человек из Украины, которых ознакомили при поддержке Фонда открытой Эстонии с нашим опытом, связанным с НАТО.

Общество планирует продолжить подобную деятельность, приобщив к проекту организации и из других стран.